GINA Séquençage haut débit

Yannick BIDET
Tél. : 33 (0)4 73 27 84 89
Yannick.Bidet@u-clermont1.fr

La plateforme GINA de séquençage à haut débit compose, avec l’unité de génotypage GENAP de l’INRA, la structure GENTYANE labellisée IBiSA depuis 2009.
La certification ISO 9001 de GENTYANE est prévue pour septembre 2012.

Savoir-Faire

Cette plateforme de séquençage haut débit est adaptée au séquençage de petits génomes ou de fractions de génomes complexes. Les logiciels fournis permettent l’assemblage et l’orientation des contigs de novo. Ils permettent également de comparer les séquences assemblées à une séquence de référence, et ainsi de détecter des polymorphismes. La combinaison des longues lectures (environ 600 nucléotides) et de l’approche « paired ends » permet une traversée efficace des régions répétées et donc une meilleure construction de la structure des génomes non annotés.

D’autres logiciels de la plateforme autorisent le séquençage simultané d’un grand nombre de produits PCR afin d’analyser un grand nombre de petites régions d’intérêt et/ou d’échantillons. Cela peut être utile en génétique humaine à visée diagnostique, pour la recherche d’hétérogénéité dans une population d’individus (cellules d’un tissu, bactéries, virus...), en métagénomique... Le séquençage d’amplicons est l’un des points forts de la plateforme GINA.

L’approche « Deep Sequencing » permet d’augmenter la couverture de l’échantillon afin de déceler des mutations présentes dans moins de 1% de l’ADN de l’échantillon.

Tout type d’acides nucléiques, issu de tout type de traitement, peut être séquencé sur la plateforme. Les études de méthylation, d’ARN non codants ou le séquençage de produits d’immuno-précipitation sont quelques exemples. La plateforme développe actuellement son expertise dans l’analyse de transcriptome.

Domaines d’applications

Séquençage de tout acide nucléique :

  • Cancérologie.
  • Maladies rares.
  • Métagénomique.
  • Transcriptomique.
  • Etude de génomes complexes (blé...).

Secteurs d’activités

  • Recherche Fondamentale.
  • Recherche Appliquée.
  • Santé.

Equipements

  • Outils de quantification et de qualification des acides nucléiques (Lecteur Tecan F200, BioAnalyzer 2100 Agilent).
  • Robotique de pipetage (Tecan evo100 pré-PCR, Beckman BioMek FXP post-PCR).
  • Thermocycleurs (14 blocs pour plaques 96 puits).
  • Pyroséquenceur GS-FLX+ :
    • Jusqu’à 1 million de lectures indépendantes par run, 600 à 800 nucléotides par lecture.
    • Séparation physique des échantillons en 2, 4, 8 ou 16 zones.
    • Multiplexage jusqu’à 1536 échantillons.

Prestations

De la production simple de données à la collaboration de recherche incluant l’analyse.